En 1992, un grupo de jugadores que no tenían cabida en el equipo de División de Honor del Club Juventud Alcalá de Balonmano crean un equipo en Segunda División Territorial. Este equipo, aunque se inscribe con el nombre de Juventud Alcalá, se mantiene como una sección ajena al mismo.
Viven el balonmano de manera diferente: sus partidos son divertidos, originales y, a la vez, van acompañados de éxitos deportivos. Estos éxitos quedan refrendados en dos ascensos consecutivos; a Primera Territorial en la Temporada 1993-1994, y a Segunda Nacional en la Temporada 1994-1995.
En 1995, tras la desaparición del Club Juventud Alcalá, todos los equipos inferiores de este Club pasan a la disciplina del Club Deportivo Iplacea, excepto el equipo de Segunda División Nacional Masculino al que se le deja apartado argumentando que existía vinculación con las deudas del Club Juventud Alcalá.
Ante esto, los mismos jugadores del equipo de Segunda Nacional crean una sección en Club de Rugby de la Universidad de Alcalá para poder seguir jugando. En este periodo el apoyo de la Universidad de Alcalá fue determinante para que este equipo no desapareciese.
En julio de 1996, ocho jugadores del equipo de Segunda Nacional de Balonmano inscriben un equipo para participar en un Torneo de Balonmano Playa. En esa ocasión, se disputaba el I Campeonato de España de la modalidad. Para ser la primera vez que los alcalaínos practicaban este deporte y con el handicap añadido de no disponer de playa para la preparación, se puede considerar un auténtico éxito la medalla de bronce conseguida por nuestro equipo. En esta ocasión el equipo participaba con el nombre de Universidad de Alcalá.
Este hecho supuso el inicio de innumerables participaciones en los diferentes torneos que se organizaban a lo largo de toda la geografía española. En casi todos los campeonatos se lograba situarse en los puestos de honor, y lo más importante era que siempre al nombre de este equipo y, por lo tanto al de nuestra ciudad, se le relacionaba con el juego espectacular y la deportividad.
El 11 de julio de 1997 el equipo de Balonmano Playa Universidad de Alcalá se independiza de Club de Rugby y crea su propio Club. Es entonces cuando nace el Club Balonmano Playa Alcalá, con la intención de dar soporte al gran número de practicantes de balonmano playa que había en nuestra ciudad.
En 1998 el Club Balonmano Playa de Alcalá fue líder indiscutible en número de equipos participantes en el Campeonato de España de la modalidad. La cota máxima se produjo en 1999 en Moguer (Huelva), en donde participaron cinco equipos masculinos y uno femenino.
El segundo gran éxito de este Club se produjo en el mencionado Campeonato de España de Moguer, en 1999. Compitiendo con los mejores equipos de Balonmano Playa del momento, todos ellos equipos de zonas costeras, se alcazaba el subcampeonato. En esta ocasión, solo fue superado por el equipo gaditano Gades Asisa. Nuevamente los alcalaínos rompían todos los pronósticos y se traían para Alcalá un nuevo trofeo.
Año tras año y campeonato tras campeonato se sucedían los éxitos y, lo que es mejor, iban entrando a los equipos jugadores jóvenes que hacían vislumbrar un futuro lleno de victorias. En el 2002, un equipo conformado por una mezcla de veteranía y juventud estuvo a punto de subir a lo más alto del podio. Los alcalaínos perdieron en la Gran Final contra el equipo de Barbate.
El verano del 2003, cuando el balonmano playa español estaba en lo más alto, tanto a nivel de títulos -Campeón de Europa de Selecciones Nacionales- como a nivel de número de torneos organizados -el país con mayor número de Campeonatos- los complutenses batían todos los registros.
El Club participó en diez torneos (Vigo, Suances, Huelva, Sevilla, Almería,...), en los que no se pasó de puntillas sino todo lo contrario: consiguió cuatro títulos, dos subcampeonatos y dos terceros puestos.
El colofón se produjo cuando, al final del mencionado verano, la Federación Europea de Balonmano (EHF) daba la lista de los ocho equipos mejor clasificados de toda Europa. Al frente de la clasificación estaba el Club Balonmano Playa Alcalá y esto le daba derecho a participar en el I Campeonato de Europa de Clubes que se celebraría en Salerno (Italia).
En el 2004 el Club Balonmano Playa Alcalá conseguía el título más importante de su corta historia. Los cinco torneos ganados del circuito nacional y los tres subcampeonatos le otorgaban el mayor galardón que puede obtener un equipo de Balonmano Playa en nuestro país, Campeones del Tour Nacional de Balonmano Playa.
A este título se unió la cuarta posición conseguida en la Copa de Europa de Clubes y, de nuevo, la clasificación para disputar dicha Copa de Europa en el verano del 2005, nuevamente como el primer equipo del Circuito Europeo de Balonmano Playa.
El reconocimiento de nuestra ciudad al Club Balonmano Playa Alcalá quedó plasmado en diciembre de 2004 con la concesión del Premio Cervantes al Mejor Equipo Deportivo de Alcalá de Henares.
La segunda edición del Tour Nacional de Balonmano Playa, verano de 2005, fue ganada nuevamente por el equipo alcalaíno, en una muestra más del gran nivel de este Club. En la edición del 2006, los complutenses quedaron clasificados en segundo lugar.
A día de hoy, el Balonmano Playa de Alcalá es conocido en todos los lugares de España donde se juega a este deporte e, incluso, en muchos lugares de Europa.